Introduction to Biomolecular Simulations

Please Note: The Lecture List and topic summary of the first part of the course is now available under "Course Documentation"
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Montags 10:00 - 12:00 Uhr, ab 08. Mai 2017
Institut für Biophysik,
Max-von-Laue-Str. 1, Goethe-Uni Frankfurt
Dozenten: Dr. Albert Ardèvol - Dr. Roberto Covino

Die Vorlesungen sind für 2 Wochenstunden geplant, die Übungen für 4 Wochenstunden im zweiwöchigen Rhythmus (2V + 2Ü = 4 SWS); die Termine für die Übungen werden noch bekannt gegeben.

Weitere Informationen werden durch Aushang am Institut für Biophysik bekannt gemacht.

Bei Rückfragen wenden Sie sich bitte an die Dozenten:
Dr. Albert Ardèvol (albert.ardevol(at)biophys.mpg.de) bzw.
Dr. Roberto Covino (roberto.covino(at)biophys.mpg.de)
oder das Sekretariat des Instituts für Biophysik,
Frau Rieger (069/798-46410).

First part

  • Review of probability theory.
  • Primer in equilibrium statistical mechanics, with review of the necessary classical mechanics and mathematics. Highlights on biomolecules.
  • Introduction to stochastic phenomena. Gaussian noise, Brownian motion, diffusion (Fokker-Planck equation).
  • Two state systems.
  • Kramer’s theory for thermally activated processes. Protein folding.
  • Numerical simulations. Euler algorithm for Brownian motion.

Second part

  • Molecular dynamics simulations
  • Introduction on MD + equilibrium MD.
  • Molecular dynamics. Scales in time and space. Atomistic and coarse-grained MD.
  • Biophysical Interactions, all-atom Force fields and coarse grain force field (Martini).
  • Production code and parallel computing. Introduction to GROMACS
  • Predicting biophysical properties.
  • Periodic boundary conditions. Ewald’s summation for electrostatics.
  • Thermostats & Barostats.

Contact:

Max Planck Institute of Biophysics

Introduction to Biomolecular Simulations Course
Dr. Albert Ardèvol
Dr. Roberto Covino
Department of Theoretical Biophysics

Phone: +49 (0) 69 6303-2509
E-Mail: albert.ardevol(at)biophys.mpg.de
E-Mail: roberto.covino(at)biophys.mpg.de

Course announcement
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