Strukturelle Proteomics

Strukturelle Proteomics

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Proteinkomplexe sind eine grundlegende Organisationseinheit des Proteoms. Sie sind funktional auf kontextspezifische Bedürfnisse abgestimmt, d.h. in Bezug auf Zelltypen oder zwischen Individuen. Wir sind daran interessiert, wie Proteinkomplexe zusammengesetzt werden und wie Variationen in ihrer Stöchiometrie ihre Funktion verändern. Wir verwenden Methoden wie Vernetzungsmassenspektrometrie, thermisches Proteinprofil, quantitative Proteomik und Data Mining, um die Dynamik der Proteinkomplexarchitektur zu untersuchen.


Ausgewählte Publikationen

1.
Romanov N, Kuhn M, Aebersold R, Ori A, Beck M, Bork P.
Disentangling Genetic and Environmental Effects on the Proteotypes of Individuals.
Cell. 2019 May 16;177(5):1308-1318.e10. doi: 10.1016/j.cell.2019.03.015.
2.
Becher I, Andres-Pons A, Romanov N, Stein F, Schramm M, Baudin F, Helm D, Kurzawa N, Mateus A, Mackmull MT, Typas A, Müller CW, Bork P, Beck M, Savitski MM.
Pervasive Protein Thermal Stability Variation during the Cell Cycle.
Cell. 2018 May 31;173(6):1495-1507.e18. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.053.
3.
Mackmull MT, Klaus B, Heinze I, Chokkalingam M, Beyer A, Russell RB, Ori A, Beck M.
Landscape of nuclear transport receptor cargo specificity.
Mol Syst Biol. 2017 Dec 18;13(12):962. doi: 10.15252/msb.20177608.
4.
Ori A, Iskar M, Buczak K, Kastritis P, Parca L, Andres-Pons A, Singer S, Bork P, Beck M.
Spatiotemporal variation of mammalian protein complex stoichiometries.
Genome Biol. 2016 Mar 14;17:47. doi: 10.1186/s13059-016-0912-5.
5.
Ori A, Toyama BH, Harris MS, Bock T, Iskar M, Bork P, Ingolia NT, Hetzer MW, Beck M.
Integrated Transcriptome and Proteome Analyses Reveal Organ-Specific Proteome Deterioration in Old Rats.
Cell Syst. 2015 Sep 23;1(3):224-37. doi: 10.1016/j.cels.2015.08.012.
6.
Ori A, Banterle N, Iskar M, Andres-Pons A, Escher C, Khanh Bui H, Sparks L, Solis-Mezarino V, Rinner O, Bork P, Lemke EA, Beck M.
Cell type-specific nuclear pores: a case in point for context-dependent stoichiometry of molecular machines.
Mol Syst Biol. 2013;9:648. doi: 10.1038/msb.2013.4.
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