Software

PyDiffusion

Beschreibung: PyDiffusion ist eine Python-Bibliothek zur Analyse der Diffusion von Molekülen in molekulardynamischen Simulationen oder Starrkörpersimulationen.

Entwickler: Max Linke, Hummer

CNT-GAFF

Beschreibung: Baut atomistische Strukturen von C-Nanoröhren mit der Möglichkeit, funktionelle Gruppen hinzuzufügen, und weist ihnen generalisierte Amber (GAFF) -Parameter zu.

Entwickler: Martin Vögele

CAPRIQORN

CAlculation of P(R) and I(Q) Of macRomolecules in solutioN Beschreibung: Berechnung SAXS / WAXS-Streuintensitäten und Verteilungsfunktionen aus den Ausgangstrajektorien molekulardynamischer Simulationen. Entwickler: Jürgen Köfinger, Klaus Reuter und Mitwirkende.

CADISHI

CAlculation of DIStance HIstograms Beschreibung: Schnelle Berechnung von Histogrammen der (euklidischen) Abstände zwischen Objekten. Entwickler: Klaus Reuter und Jürgen Köfinger

PyDHAMed

Beschreibung: Die dynamische Histogrammanalyse wurde auf die detaillierte Bilanz erweitert
Entwickler: Lukas S. Stelzl, Gerhard Hummer und Mitwirkende.

MDBenchmark

Beschreibung: Benchmark- und Skalierungsstudien für MD-Simulationen
Entwickler: Max Linke, Michael Gecht und Mitwirkende.

BioEM

Bayesian Inference Of Electron Microscopy
Beschreibung: Die Methode ermöglicht die Charakterisierung von Strukturmodellen durch Berechnung ihrer posterioren Wahrscheinlichkeit in Bezug auf einzelne EM-Bilder.

Software der Abteilung für Theoretische Biophysik