Startseite Forschungsgruppe: Gerhard Hummer Software Software der Abteilung für Theoretische Biophysik PyDiffusion Beschreibung: PyDiffusion ist eine Python-Bibliothek zur Analyse der Diffusion von Molekülen in molekulardynamischen Simulationen oder Starrkörpersimulationen. Entwickler: Max Linke, Hummer CNT-GAFF Beschreibung: Baut atomistische Strukturen von C-Nanoröhren mit der Möglichkeit, funktionelle Gruppen hinzuzufügen, und weist ihnen generalisierte Amber (GAFF) -Parameter zu. Entwickler: Martin Vögele CAPRIQORN CAlculation of P(R) and I(Q) Of macRomolecules in solutioN Beschreibung: Berechnung SAXS / WAXS-Streuintensitäten und Verteilungsfunktionen aus den Ausgangstrajektorien molekulardynamischer Simulationen. Entwickler: Jürgen Köfinger, Klaus Reuter und Mitwirkende. CADISHI CAlculation of DIStance HIstograms Beschreibung: Schnelle Berechnung von Histogrammen der (euklidischen) Abstände zwischen Objekten. Entwickler: Klaus Reuter und Jürgen Köfinger PyDHAMed Beschreibung: Die dynamische Histogrammanalyse wurde auf die detaillierte Bilanz erweitert Entwickler: Lukas S. Stelzl, Gerhard Hummer und Mitwirkende. MDBenchmark Beschreibung: Benchmark- und Skalierungsstudien für MD-Simulationen Entwickler: Max Linke, Michael Gecht und Mitwirkende. BioEM Bayesian Inference Of Electron MicroscopyBeschreibung: Die Methode ermöglicht die Charakterisierung von Strukturmodellen durch Berechnung ihrer posterioren Wahrscheinlichkeit in Bezug auf einzelne EM-Bilder.
